《中国中医基础医学杂志》创刊于1995年，是经原国家科委批准的学术性期刊，在国家自然科学基金委员会、国家中医药管理局、中国中医研究院的大力支持下，由中国中医研究院基础理论研究所主办。在杂志社全体人员的共同努力下，本刊在全国中医基础理论研究领域形成了一定的影响，成为中国中医研究院基础理论研究所对外树立形象、扩大影响的重要窗口。在导向中医基础医学研究、坚守中医基础理论阵地方面发挥了一定作用。
主要发表国家自然科学基金、卫生部科研基金、国家中医药管理局科研基金、各省市区及单位的科研基金项目文章，体现理论研究与实验研究相结合；基础研究与临床研究相结合；重点发表具有创新思想的学术论文。本刊在继续以往突出中医特色的特点上，坚持立足中医基础理论，兼顾临床基础研究，理论研究与实验研究相结合，基础研究与应用研究相结合的办刊方向。我刊努力创建出自己的特色，突出在实验研究、临床基础研究、中医文化、中医多学科研究方面的优势。面向全国，兼顾国外。
经历了十年的时间，本刊先后成为中国学术期刊光盘版核心期刊、中文核心期刊医学类核心期刊、中国科学引文数据库扩展库核心期刊、中国生物学核心期刊，为国家中医药管理局直属重点期刊，在国内外中医基础研究方面具有重要的影响。先后成为安徽省、广东省、河北省等省市区指定的晋升高级职称的必发表文章的学术期刊。 现任社长胡镜清，现任名誉主编为王永炎院士，主编孟庆云，常务副主编潘桂娟，副主编王昌恩，设有编辑部、广告部、发行部、读者服务部等机构。
《中国中医基础医学杂志》获国家科技部中国科技论文统计源期刊；中国学术期刊综合评价数据库来源期刊。
知网收录(中)、上海图书馆馆藏、国家图书馆馆藏、维普收录(中)、万方收录(中)、CA 化学文摘(美)、北大核心期刊(中国人文社会科学核心期刊)、CSCD 中国科学引文数据库来源期刊(含扩展版)
全国中文核心期刊、中国核心期刊遴选数据库、Caj-cd规范获奖期刊、中国期刊全文数据库（CJFD）
专家论坛、学术争鸣、实验研究、临床基础、基层园地。
《中国中医基础医学杂志》基本要求
1《中国中医基础医学杂志》文稿应当具有科学性、创新性，论点明确，文字精炼，层次清楚，数据准确，书写工整且规范，对研究性论文要求统计学处理。一般文稿字数3，000字以内；综述类文稿不超过5，000字。来稿一律用A4纸打印。
2 专家论坛稿件，要求作者必须是国家级有突出贡献的专家、博士生导师、硕士生导师，具有副高级职称以及在某些新兴领域有创见的中青年专家。并且是结合自己的研究领域，提出的有创新见解的文章。
3 理论探讨稿件，要求针对本刊的发表特点，针对本刊鼓励发表的优先研究领域，所提出的有创新见解的文章。
4 方法论稿件，要求是针对某一学科、每一专业方向的专业研究方法文章。
5 实验研究论文稿件，要求以各级各类科研基金论文为主，重点是能用新的实验方法去创新、证明中医理论，或探讨中西医均未认识的实验论文。
6 临床基础稿件，要求是临床基础方面的论文，包括某疾病中医病因学调查，证候的临床调研，符合科研设计的临床基础研究和特殊病例的临床分析等。
7 针灸研究类稿件，主要发表针灸的实验研究、临床治疗疾病的机理研究文章；经络研究类稿件，主要发表各级各类科研基金项目文章。
8 此外本刊另设有方药研究、中医多学科研究、临证验案等栏目。
